Cuando el clima se volvió más cálido se iniciaron las actividades agrícolas, hace 12.000 años atrás, con una cultura única y vital, los Jōmon.El período Jōmon duró aproximadamente desde el milenio X a. C. al siglo III a. C.
Modelaban cerámica y desarrollaron "viviendas-foso", es decir, viviendas con plantas excavadas en profundidad, entre otros fenómenos culturales.
Aun reconociendo la existencia de variantes regionales, la cultura Jōmon mantuvo unos patrones similares en el ámbito de todas las islas, desde Hokkaido hasta Okinawa. Su base económica fue dada por las actividades cinegéticas, pesqueras y recolectoras, aunque también se ha supuesto la existencia de una agricultura de cereales. Una de las particularidades de esta cultura fueron las cerámicas Jōmon, que reciben este nombre por las impresiones de cuerda en su superficie.
Los Jömon viajaron a América y se asentaron en la costa pacífica de Colombia, Venezuela y Perú.
Trajeron con ellos el virus linfotrófico T humano tipo I (HTLV-I), causante etiológico de dos entidades patológicas: la leucemia de células T del adulto (ATL), y la mielopatía asociada al HTLV-I o paraparesia espástica tropical (HAM/TSP), además de haber sido asociado a uveítis, dermatitis seborreicas y otras afecciones del tejido conectivo 3-5. El HTLV-I es endémico en el Sur de Japón, Caribe, Africa tropical, algunos países de América y Melanesia, mientras que el HTLV-II lo es en poblaciones de aborígenes americanos (en Argentina tobas y wichí)y tribus de Africa Central.
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